Казалось бы, внесенные Никоном изменения коснулись несущественных частностей. Однако надо учитывать, что для подавляющего большинства верующих той эпохи православная вера отождествлялась с обрядами и их изменение воспринималось чрезвычайно болезненно. Новшества расценивались как отступничество от веры предков, нарушения догматов, освященных церковным собором 1551 г. В решениях Стоглавного собора провозглашалось: "Иже кто не знаменается двема персты, яко же и Христос, да есть проклят". Теперь же постановления Стоглава отменялись. Никоновские преобразования ударили по национальной гордости, поскольку реформа следовала греческим образцам, хотя положение православной церкви на Востоке, во владениях Османской империи, было приниженным. Многие русские еще со времен старца Филофея исповедовали, что Константинополь наказан за грехи, а истинный центр православия навсегда переместился в Москву - Третий Рим. Выходило, что восточные патриархи, жившие за счет щедрых пожертвований царя всея Руси, выступают в роли вероучителей. Ситуация осложнялась тем, что Никон, не считаясь с национальным самолюбием и русскими традициями, всячески подчеркивая свою приверженность греческим обрядам. Патриарх запретил иконы, писанные не по греческим образцам. Он приказал своим служителям выколоть глаза у собранных икон и в таком виде носить их по городу и объявлять царский указ, угрожавший строгим наказанием тем, кто впредь осмелится писать нечто подобное. Такое глумление вызвало всеобщее возмущение, но Никона это не остановило. Архидиакон Павел Алеппский, прибывший в Россию в свите антиохийского патриарха, оставил яркое описание сцены в Успенском соборе Кремля: "Никон брал одну за другою подносимые ему новые иконы и, каждую показывая народу, бросал на железный пол с такою силою, что иконы разбивались, и наконец велел их сжечь. Тогда царь, человек в высшей степени набожный и богобоязненный, слушавший в смиренном молчании проповедь патриарха, тихим голосом сказал ему: "Нет, батюшка, не вели их жечь, а лучше прикажи зарыть в землю". Так и было поступлено. Каждый раз, когда Никон брал в руки какую-либо из незаконных икон, он приговаривал: эта икона взята из дому такого-то вельможи, сына такого-то (все людей знатных). Он хотел пристыдить их всенародно, чтобы и другие не следовали их примеру". Прежде всех реформам Никона воспротивились его бывшие друзья по кружку "ревнителей благочестия". Когда от имени патриарха пришло запрещение креститься двумя перстами и класть земные поклоны, в доме протопопа Казанского собора Иоанна Неронова собрались единомышленники - "Мы же задумалися, сошедшеся между собою; видим, яко зима хощет быти; сердце озябло, и ноги задрожали". Потрясенный Неронов отправился в Чудов монастырь и там, по словам его друзей, ему был глас: "время приспе страдания, подобает вам неослабно страдати!"

Противники реформы подали царю рукописное опровержение, в котором предписание патриарха было названо ересью. Они указывали, что проверку богослужебных книг проводят люди, подозреваемые в отступничестве от православия, например, Арсений Грек, ранее сосланный на Соловки за то, что учился в католической академии в Венеции. Неронов обличал Никона в крестовой палате: "Доселе ты друг наш был - на нас восстал. Некоторых ты разорил и на их места поставил иных, и от них ничего доброго не слыхать. Других ты обвинил за то, что они людей мучат, а сам беспрестанно мучишь.". В пылу полемики Неронов припомнил патриарху его критику Соборного Уложения: "Вот ты укоряешь новоуложенную книгу (т.е. Уложение), посохом ее попираешь и называешь недоброю, а ты и руку к ней приложил, когда ее составляли, - в те поры называл ее доброю. Приложил руку из земного страха, ныне же на Соборе дерзаешь против той книги, потому что государь дал тебе волю." Более того, ревнители благочестия попытались дискредитировать патриарха в глазах царя. Неронов донес, будто бы патриарх публично говорил "Мне-де и царская помощь не годна и не надобна, да таки-де на нее и плюю и сморкаю".

Но старания противников Никона были напрасны, Алексей Михайлович доверял своему "собинному другу", как он называл патриарху, и выдал ему головой всех его врагов. Протопоп Неронов был сослан в Вологодский уезд, на Кубенское озеро, по его собственным словам, "в Каменской монастырь, под крепкое начало, а в грамоте о мне ко властям было писано: за великое бесчиние велено в черных службах ходить". В марте 1654 г. церковный собор полностью одобрил реформы Никона. Единственный иерарх, несогласный с нововведениями - епископ Рязанский Павел был лишен епархии.